Edward et Alphonse, deux jeunes frères, tentent d'utiliser l'alchimie pour redonner vie à leur mère récemment décédée. Seulement, l'alchimie est régie par un principe simple selon lequel il faut offrir quelque chose pour recevoir en échange. Ainsi, Ed perd sa jambe gauche et Al son corps entier. De plus, il n'est pas possible de ramener un humain à la vie si facilement et le monstre auquel ils donnent ainsi naissance n'est plus leur mère. Ed, dans un dernier espoir, essait de sauver l'âme de son frère qui ère sans corps et utilise l'alchimie pour sceller l'âme de son frère dans une armure. Il perd son bras droit en échange. Depuis, Al est condamné a vivre avec pour corps une armure vide, et Ed a du subir une opération pour obtenir une armure intégrée, c'est a dire un bras et une jambe mécanique. Il existe toutefois une pierre légendaire appelée la pierre philosophale. On raconte que son détenteur peut contourner le principe d'équivalence et obtenir ce dont il a besoin sans sacrifices. Les jeunes frères partent donc à la recherche de cette pierre dans l'espoir de retrouver leurs corps d'origines...

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